Эффективная вирусная доставка в нейрональную культуру генетических конструкций для моделирования и генной терапии GNAO1-энцефалопатии / Е. А. Лунев, А. А. Шмидт, С. Г. Васильева [и др.]. - Текст : электронный
// Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56, № 4. - С. 604-618. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 616-617 (44 назв.). - рис., 1 табл.

Авторы: Лунев, Е. А., Шмидт, А. А., Васильева, С. Г., Савченко, И. М., Логинов, В. А., Марина, В. И., Егорова, Т. В., Бардина, М. В.

Аннотация: Разработан подход к созданию клеточных моделей GNAO1-энцефалопатии на первичной культуре нейронов здоровой мыши. С этой целью оптимизирована доставка трансгенов в G[альфа]o1-экспрессирующие клетки с помощью аденоассоциированных вирусов (ААВ). Оценен тропизм пяти нейротропных серотипов ААВ (1, 2, 6, 9, DJ) к G[альфа]o1-позитивным нейронам в культуре из цельного мозга мыши. Самый высокий потенциал в качестве средства доставки репортера показал серотип DJ, который заражал до 66% таргетных нейронов без выраженной цитотоксичности. AAВ-DJ также обеспечивал эффективную доставку и экспрессию генетических конструкций, кодирующих нормальную и мутантную форму G[альфа]o1, а также коротких шпилечных РНК (shРНК) для супрессии эндогенного GNAO1 в нейронах мыши. Полученные результаты позволят продвинуться в изучении механизма патогенеза клинических вариантов GNAO1-энцефалопатии, а также тестировать конструкции для генной терапии данного заболевания в клеточных моделях.

Фактор рестрикции ВИЧ APOBEC3G и перспективы его использования в генной терапии ВИЧ-инфекции / А. С. Тихонов, Р. Р. Минтаев, Д. В. Глазкова [и др.]. - Текст : электронный
// Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56, № 4. - С. 546-556. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 551-555 (78 назв.). - рис.

Авторы: Тихонов, А. С., Минтаев, Р. Р., Глазкова, Д. В., Богословская, Е. В., Шипулин, Г. А.

Аннотация: Один из белков семейства цитидиндезаминаз, APOBEC3G, способен защищать от вируса иммунодефицита человека типа 1 в отсутствие вирусного белка Vif. В обзоре описаны возможные пути увеличения анти-ВИЧ-активности APOBEC3G, придания ему устойчивости к вирусному белку Vif, а также потенциальные подходы к использованию модифицированного APOBEC3G в генотерапии ВИЧ-инфекции.

Дмитриев, А. А.
Секвенирование геномов растений: современные технологии и новые возможности для селекции / А. А. Дмитриев, Е. Н. Пушкова, Н. В. Мельникова. - Текст : электронный
// Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56, № 4. - С. 531-545. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 537-544 (148 назв.).

Авторы: Дмитриев, А. А., Пушкова, Е. Н., Мельникова, Н. В.

Аннотация: В обзоре представлена информация о последних достижениях в области технологий секвенирования и сборки геномов растений, а также возможностей, которые они открывают для фундаментальных изысканий и практической селекции.

Wang, T.
Связанная с GTP форма Rab3D способствует росту липидных капель в адипоцитах / T. Wang, M. J. Jin, L. K. Li. - Текст : электронный
// Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56, № 4. - С. 564-573. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 571-573 (64 назв.). - рис., 1 табл.

Авторы: Wang, T., Jin, M. J., Li, L. K.

Аннотация: Изучена роль белка Rab3D в хранении липидов в адипоцитах. Подтверждено, что уровень транскриптов Rab3D в адипоцитах выше, чем у других членов семейства Rab3; различия наиболее выражены в белой жировой ткани. Показано, что Rab3D способствует дозозависимому росту липидных капель (LD) в преадипоцитах 3T3-L1 независимо от опосредованного Cidec слияния LD. Подтверждено, что GTP-связанная форма Rab3D способствует росту LD; в ходе дифференцировки адипоцитов эта форма транслоцируется в LD из других везикул. Получены данные, доказывающие участие Rab3D в контролируемом образовании крупных LD в адипоцитах. Сделан вывод, что Rab3D - это новый регулятор LD, свойства которого отличаются от свойств идентифицированных ранее белков Rab18 и Rab8a, ассоциированных с LD.

Релевантность экспонированных на поверхности лакказы остатков лизина, предназначенных для ее функционализации / A. A. Arteaga-Castrejon, M. R. Trejo-Hernandez, Y. Mekmouche [и др.]. - Текст : электронный
// Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56, № 4. - С. 652-662. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 661-662 (33 назв.). - рис., 2 табл.

Авторы: Arteaga-Castrejon, A. A., Trejo-Hernandez, M. R., Mekmouche, Y., Amouric, A., Rousselot-Pailley, P., Robert, V., Tron, T., Martinez-Morales, F.

Аннотация: Для выявления экспонированных на поверхности лакказы сайтов, потенциально пригодных для замещения остатками лизина, использован LAC3-K0, лишенный остатков лизина. Установлено, что свойства гидрофобных областей на поверхности LAC3-K0 следует учитывать при взаимодействии гибридных материалов. Все полученные варианты с уникальными поверхностными остатками лизина содержат сайты, пригодные для контролируемой ориентации лакказы при дизайне гибридных материалов.

Однодоменные антитела для предобработки протеома мочи человека с целью анализа онкобиомаркеров / С. В. Тиллиб, О. С. Горяйнова, А. М. Сачко [и др.]. - Текст : электронный
// Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56, № 4. - С. 671-684. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 683-684 (26 назв.). - рис., 1 табл.

Авторы: Тиллиб, С. В., Горяйнова, О. С., Сачко, А. М., Иванова, Т. И., Гаас, М. Я., Воробьев, Н. В., Каприн, А. Д., Шегай, П. В.

Аннотация: Проведен анализ возможности применения ряда полученных ранее однодоменных антител (нанотел) к основным маркерным белкам крови для предобработки образцов мочи больных раком мочевого пузыря (РМП). Показаны уникальные возможности использования нанотел в неинвазивных диагностических исследованиях наряду с такими традиционными методами, как электрофорез и, в перспективе, масс-спектрометрический анализ. Отмечено, что развитие РМП сопровождается увеличением содержания в моче мажорных белков крови. Особый интерес представляет выделение иммунных комплексов из мочи конкретного пациента и выявление компонентов, которые потенциально могут быть биомаркерами патологического процесса у пациента.

Молекулярная диагностика вовлеченности в процесс малигнизации визуально нормальной слизистой при уротелиальном раке мочевого пузыря / Т. А. Богуш, А. А. Башарина, З. М. Сафаров [и др.]. - Текст : электронный
// Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56, № 4. - С. 642-651. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 649-650 (23 назв.). - рис., 3 табл.

Авторы: Богуш, Т. А., Башарина, А. А., Сафаров, З. М., Мизаева, И. Э., Гришанина, А. Н., Богуш, Е. А., Гриднева, Я. В., Волкова, М. И., Матвеев, В. Б., Косоруков, В. С.

Аннотация: Показано, что при уротелиальном раке мочевого пузыря опухоль-ассоциированный белок TUBB3 может являться молекулярным маркером вовлеченности в процесс малигнизации слизистой мочевого пузыря и прогнозировать риск мышечной инвазии опухоли, что влияет на формулировку показаний к ранней цистэктомии.

Инактивация терминальной оксидазы bd-I приводит к сверхчувствительности E. coli к антибиотикам классов хинолонов и бета-лактамов / Т. А. Серегина, К. В. Лобанов, Р. С. Шакулов, А. С. Миронов. - Текст : электронный
// Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56, № 4. - С. 619-627. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 625-627 (52 назв.). - рис., 1 табл.

Авторы: Серегина, Т. А., Лобанов, К. В., Шакулов, Р. С., Миронов, А. С.

Аннотация: Показано, что инактивация фермента bd-I E. coli путем делеции генов cydB или cydD приводит к возникновению сверхчувствительности бактерий к хинолоновым и бета-лактамным антибиотикам. Чувствительность этих мутантов к антибиотикам частично супрессируется при внесении в их геном конститутивно экспрессируемого гена katG, кодирующего каталазу. К аналогичному эффекту приводит повышение уровня генерации внутриклеточного сероводорода в результате экспрессии гена mstA, поставленного под контроль промотора P[tet]. Полученные данные свидетельствуют о важной роли терминальной оксидазы bd-I в защите бактерий от окислительного стресса и бактерицидного действия антибиотиков.

Делеция ALDH4A1 приводит к нарушению созревания сперматозоидов у мышей / Y. Xiao, Z. Z. Wen, B. Wu [и др.]. - Текст : электронный
// Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56, № 4. - С. 585-594. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 593-594 (32 назв.). - рис.

Авторы: Xiao, Y., Wen, Z. Z., Wu, B., Zhu, H. X., Zhang, A. Z., Li, J. Y., Gao, J. G.

Аннотация: В исследовании использована технология CRISPR-Cas9 для создания мышиной модели с нокаутом ALDH4a1, чтобы впервые изучить влияние этого гена на фертильность самцов мышей. Показано, что ALDH4A1 играет жизненно важную роль в структуре жгутика сперматозоида и процессе созревания сперматозоидов у мышей.

Белок CG9890 дрозофилы участвует в регуляции экдизонзависимой транскрипции / Ю. В. Николенко, Н. А. Фурсова, М. Ю. Мазина [и др.]. - Текст : электронный
// Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56, № 4. - С. 557-563. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 562-563 (20 назв.). - рис.

Авторы: Николенко, Ю. В., Фурсова, Н. А., Мазина, М. Ю., Воробьева, Н. Е., Краснов, А. Н.

Аннотация: Изучена роль белка CG9890 в регуляции экдизонзависимой индуцибельной транскрипции. Идентифицированы 12 экдизонзависимых генов, на промоторах которых локализован белок CG9890. Изучена их активация после добавления к клеткам 20-гидроксиэкдизона как в норме, так и после РНК-интерференции CG9890. Экспрессия экдизонзависимых генов существенно повышается в ответ на обработку клеток экдизоном, в отличие от контрольных генов. Причем в линии клеток, подвергнутых РНК-интерференции CG9890, транскрипция 8 из 12 генов была значительно выше, чем в контрольных клетках. Таким образом, белок CG9890 участвует в регуляции транскрипции экдизонзависимых генов, причем в большинстве случаев выступает в роли репрессора.

Тимонина, Д. С.
Анализ множественных выравниваний белков с использованием 3D-структурной информации по ориентации боковых цепей аминокислот / Д. С. Тимонина, Д. А. Суплатов. - Текст : электронный
// Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56, № 4. - С. 663-670. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 668-669 (31 назв.). - 1 табл.

Авторы: Тимонина, Д. С., Суплатов, Д. А.

Аннотация: Множественное выравнивание аминокислотных последовательностей гомологичных белков - ключевой инструмент современной биоинформатики и эволюционного анализа. Разработано программное обеспечение для систематического исследования специфической ориентации боковых цепей аминокислот в эквивалентных позициях структур гомологов. Новый метод, основанный на алгоритме машинного обучения HDBSCAN, позволяет выявить статистически значимые различия в положении боковых цепей аминокислот в каждой позиции множественного выравнивания и классифицировать их на подсемейства.

Rpn4p без ДНК-связывающего домена обеспечивает устойчивость Saccharomycescerevisiae к окислительному стрессу и циклогексимиду / Д. С. Карпов, Д. С. Спасская, В. В. Тютяева, В. Л. Карпов. - Текст : электронный
// Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56, № 4. - С. 628-641. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 639-640 (41 назв.). - рис., 2 табл.

Авторы: Карпов, Д. С., Спасская, Д. С., Тютяева, В. В., Карпов, В. Л.

Аннотация: Изучены домены Rpn4, необходимые для обеспечения устойчивости клеток к стрессовым воздействиям. Показано, что N-концевая и центральная части белка содержат участки, необходимые для устойчивости ко всем видам стресса. Предполагаемый сигнал ядерной локализации не влияет на функционирование Rpn4. Белок с делецией обоих мотивов “цинковых пальцев”, образующих ДНК-связывающий домен, обеспечивает устойчивость дрожжей к окислительному стрессу и циклогексимиду. Показано, что Rpn4 может привлекаться к промоторным областям регулируемых им генов даже в том случае, если они не содержат его сайтов связывания. Предположено, что Rpn4 участвует в регуляции генов и ответе клеток на стресс за счет белок-белковых взаимодействий.

Ma, L.
HECTD2 cупрессирует пролиферацию клеток колоректального рака, направляя LPCAT1 на убиквитинирование и деградацию / L. Ma, D. H. Li, Z. Xu. - Текст : электронный
// Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56, № 4. - С. 574-584. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 582-583 (37 назв.). - рис.

Авторы: Ma, L., Li, D. H., Xu, Z.

Аннотация: Обнаружено, что лизофосфатидилхолинацилтрансфераза-1 (LPCAT1) высоко экспрессирована при колоректальном раке (КРР), а сверхэкспрессия LPCAT1 значительно облегчает пролиферацию клеток КРР, в то время как дефицит LPCAT1 приводит к обратному эффекту. Кроме того, содержащий HECT-домен белок-2 идентифицирован как посттрансляционный медиатор LPCAT1, так как при иммунопреципитации анти-LPCAT1-антителами находился в комплексе с высокоубиквитинированным LPCAT1. Повышенная экспрессия LPCAT1 восстанавливает пролиферацию клеток КРР, нарушенную сверхэкспрессией HECTD2. На основании полученных данных ось HECTD2/LPCAT1 можно считать потенциальным прогностическим биомаркером КРР.

Cнижение экспрессии тканеспецифичной изоформы Oct-1l оказывает противоопухолевый эффект в клетках лимфомы Беркитта Namalwa / Т. Н. Порцева, А. П. Котнова, Е. В. Булавкина [и др.]. - Текст : электронный
// Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56, № 4. - С. 595-603. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 601-602 (32 назв.). - рис.

Авторы: Порцева, Т. Н., Котнова, А. П., Булавкина, Е. В., Макарова, А. А., Георгиева, С. Г., Степченко, А. Г., Панкратова, Е. В.

Аннотация: Показано, что направленное подавление экспрессии тканеспецифичной изоформы Oct-1L снижает скорость деления клеток Namalwa, вызывает значительное увеличение их гибели в условиях гипоксии, а также повышает чувствительность к химиотерапевтическим препаратам - доцетакселу и доксорубицину. Полученные результаты свидетельствуют о перспективности таргетной терапии, направленной на подавление отдельных изоформ Oct-1, уровень экспрессии которых повышен в опухолевой клетке, а не всех изоформ одновременно, что даст возможность избежать травмирующего эффекта полного нокдауна Oct-1.