Экзосомы плазмы крови при наследственных формах болезни Паркинсона / Д. Г. Кулабухова, Л. А. Гараева, А. К. Емельянов [и др.]. - Текст : непосредственный
// Молекулярная биология. - 2021. - Т. 55, № 2. - С. 338-345. - ISSN 0026-8984. - [Тема номера: "Системы репарации ДНК в обеспечении стабильности генома человека, преодолении процессов старения и как стратегические платформы для новых методов онкотерапии и лечения нейродегенеративных заболеваний"]. - Библиогр.: с. 344-345 (33 назв.). - ил.

Авторы: Кулабухова, Д. Г., Гараева, Л. А., Емельянов, А. К., Сенкевич, К. А., Грачева, Е. В., Милюхина, И. В., Варфоломеева, Е. Ю., Тимофеева, А. А., Шварцман, А. Л., Штам, Т. А., Пчелина, С. Н.

Аннотация: Дано описание наследственных форм заболевания, из которых наиболее распространена болезнь Паркинсона, ассоциированная с мутациями в гене глюкоцереброзидазы (GBA-БП) и гене киназы 2, обогащенной лейциновыми повторами (LRRK2-БП). Определены концентрация и размер экзосом плазмы крови у пациентов с GBA-БП, бессимптомных носителей мутаций в гене GBA, а также влияния мутаций в генах GBA и LRRK2 на уровень альфа-синуклеина экзосом плазмы крови. Полученные результаты позволяют предположить, что дисфункции лизосомного фермента глюкоцереброзидазы влияют на пул экзосом плазмы крови, а также свидетельствуют об отсутствии корреляции между мутациями в генах LRRK2 или GBA и уровнем альфа-синуклеина в экзосомах плазмы крови человека.

Сравнительный анализ активности полиморфных вариантов урацил-ДНК-гликозилаз человека SMUG1 и MBD4 / И. В. Алексеева, А. С. Бакман, Д. А. Яковлев [и др.]. - Текст : непосредственный
// Молекулярная биология. - 2021. - Т. 55, № 2. - С. 277-288. - ISSN 0026-8984. - [Тема номера: "Системы репарации ДНК в обеспечении стабильности генома человека, преодолении процессов старения и как стратегические платформы для новых методов онкотерапии и лечения нейродегенеративных заболеваний"]. - Библиогр.: с. 286-288 (51 назв.). - ил., 3 табл.

Авторы: Алексеева, И. В., Бакман, А. С., Яковлев, Д. А., Кузнецов, Н. А., Федорова, О. С.

Аннотация: N-гликозилазы человека SMUG1 и MBD4 катализируют удаление из ДНК остатков урацила, образующихся в результате дезаминирования цитозина или ошибок репликации. Методом молекулярной динамики получены структуры фермент-субстратных комплексов. Определено влияние некоторых SNP-ассоциированных аминокислотных замен в первичных структурах MBD4{cat} и SMUG1 на ферментативную активность этих белков.

Лаврик, О. И.
Репарация ДНК как ключевой механизм обеспечения стабильности генома и преодоления болезней человека : (от редактора-составителя) / О. И. Лаврик. - Текст : непосредственный
// Молекулярная биология. - 2021. - Т. 55, № 2. - С. 179-180. - ISSN 0026-8984. - [Тема номера: "Системы репарации ДНК в обеспечении стабильности генома человека, преодолении процессов старения и как стратегические платформы для новых методов онкотерапии и лечения нейродегенеративных заболеваний"].

Авторы: Лаврик, О. И.

Аннотация: Представлена характеристика материалов, включенных в данный номер журнала "Молекулярная биология". В номер вошли статьи и обзоры российских ученых, ведущих исследования механизмов репарации и репликации поврежденной ДНК и их роли в обеспечении стабильности генома и преодолении болезней.

Противоопухолевая активность комбинации топотекана и ингибитора тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 на модели асцитной карциномы Кребс-2 мыши / Н. С. Дырхеева, А. Л. Захаренко, Е. С. Новоселова [и др.]. - Текст : непосредственный
// Молекулярная биология. - 2021. - Т. 55, № 2. - С. 312-317. - ISSN 0026-8984. - [Тема номера: "Системы репарации ДНК в обеспечении стабильности генома человека, преодолении процессов старения и как стратегические платформы для новых методов онкотерапии и лечения нейродегенеративных заболеваний"]. - Библиогр.: с. 316-317 (18 назв.). - ил.

Авторы: Дырхеева, Н. С., Захаренко, А. Л., Новоселова, Е. С., Чепанова, А. А., Попова, Н. А., Николин, В. П., Лузина, О. А., Салахутдинов, Н. Ф., Рябчикова, Е. И., Лаврик, О. И.

Аннотация: Изучено действие как самого противоопухолевого препарата топотекан, так и его комбинации с ингибитором тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы (TDP1) на асцитную опухоль мышей Кребс-2. Показано, что внутрибрюшинное введение как топотекана, так и ингибитора TDP1 по отдельности оказывают противоопухолевое действие, которое оценивали по весу асцитной опухоли и по количеству клеток в асцитической жидкости. Совместное введение топотекана и исследуемого ингибитора TDP1 аддитивно снижало оба показателя. Также сделан вывод о том, что комбинированное введение этих двух препаратов приводит к развитию деструктивных процессов в опухоли, выражающихся в появлении клеток, в которых липидные капли занимали почти всю цитоплазму, повышенном накоплении клеточного детрита, отсутствовавшего в образцах, полученных от мышей, которым препараты вводили по отдельности.

Кладова, О. А.
Начальные стадии эксцизионной репарации оснований ДНК в нуклеосомах / О. А. Кладова, Н. А. Кузнецов, О. С. Федорова. - Текст : непосредственный
// Молекулярная биология. - 2021. - Т. 55, № 2. - С. 194-209. - ISSN 0026-8984. - [Тема номера: "Системы репарации ДНК в обеспечении стабильности генома человека, преодолении процессов старения и как стратегические платформы для новых методов онкотерапии и лечения нейродегенеративных заболеваний"]. - Библиогр.: с. 206-209 (104 назв.). - ил.

Авторы: Кладова, О. А., Кузнецов, Н. А., Федорова, О. С.

Аннотация: Представлены данные о ферментах, участвующих в эксцизионной репарации оснований, свидетельствующие о том, что в коровой частице нуклеосомы доступность поврежденной ДНК затрудняет октамер гистонов. При этом исправление повреждений в ДНК в значительной степени зависит от их ротационного и трансляционного позиционирования в коровой частице нуклеосомы, а также от особенностей действия ферментов.

Мутационный и кинетический анализ эндорибонуклеазной активности APE1 / А. А. Кузнецова, А. А. Гаврилова, Д. С. Новопашина [и др.]. - Текст : непосредственный
// Молекулярная биология. - 2021. - Т. 55, № 2. - С. 243-257. - ISSN 0026-8984. - [Тема номера: "Системы репарации ДНК в обеспечении стабильности генома человека, преодолении процессов старения и как стратегические платформы для новых методов онкотерапии и лечения нейродегенеративных заболеваний"]. - Библиогр.: с. 256-257 (39 назв.). - ил., табл.

Авторы: Кузнецова, А. А., Гаврилова, А. А., Новопашина, Д. С., Федорова, О. С., Кузнецов, Н. А.

Аннотация: Исследован эндорибонуклеазный гидролиз модельных РНК-субстратов ферментом APE1 дикого типа и мутантными формами, содержащими замены аминокислотных остатков активного центра: Y171F, R177F, R181A, D210N, N212A, T268D, M270A и D308A. Показано, что замена остатков Asn212, Asp210 и Tyr171 приводит к потере только АР-эндонуклеазной активности с сохранением эндорибонуклеазной, T268D и M270A - к потере специфичности фермента к пиримидин-пуриновым последовательностям, Arg177 и Arg181 незначительно влияет на активность АРЕ1, в то время как D308A приводит к снижению эндорибонуклеазной активности фермента.

Матричные свойства 5-метил-2'-дезоксицитидина и 5-гидроксиметил-2'-дезоксицитидина в реакциях с транслезионными и репаративными ДНК-полимеразами человека / Е. С. Шилкин, Д. В. Петрова, В. А. Полтораченко [и др.]. - Текст : непосредственный
// Молекулярная биология. - 2021. - Т. 55, № 2. - С. 305-311. - ISSN 0026-8984. - [Тема номера: "Системы репарации ДНК в обеспечении стабильности генома человека, преодолении процессов старения и как стратегические платформы для новых методов онкотерапии и лечения нейродегенеративных заболеваний"]. - Библиогр.: с. 309-311 (45 назв.). - ил., 2 табл.

Авторы: Шилкин, Е. С., Петрова, Д. В., Полтораченко, В. А., Болдинова, Е. О., Жарков, Д. О., Макарова, А. В.

Аннотация: 5-Метил-2'-дезоксицитидин (mC) и продукт его регулируемого окисления 5-гидроксиметил-2'-дезоксицитидин (hmC) играют ключевую роль в эпигенетической регуляции экспрессии генов, в клеточной дифференцировке и канцерогенезе. Геномные СpG-сайты, содержащие mC и hmC, представляют собой горячие точки мутагенеза. Представлены результаты анализа точности включения нуклеотидов напротив mC и hmC ДНК-полимеразами человека Pol[бета], Pol[лямбда], Pol[йота], Pol[каппа] и праймазой-полимеразой PrimPol in vitro. Результаты исследования указывают на высокую точность копирования mC и hmC репаративными ДНК-полимеразами Pol[бета] и Pol[лямбда]. Polэта], Pol[йота], Pol[каппа] и PrimPol копировали mC и hmC с меньшей точностью и включали напротив них dAMP и dTMP. Такой же спектр ошибочного включения dNMP наблюдали и в сайтах с немодифицированными остатками цитозина.

Величко, А. К.
Клеточный ответ на повреждения ДНК, возникающие в рибосомных генах / А. К. Величко, С. В. Разин, О. Л. Кантидзе. - Текст : непосредственный
// Молекулярная биология. - 2021. - Т. 55, № 2. - С. 210-222. - ISSN 0026-8984. - [Тема номера: "Системы репарации ДНК в обеспечении стабильности генома человека, преодолении процессов старения и как стратегические платформы для новых методов онкотерапии и лечения нейродегенеративных заболеваний"]. - Библиогр.: с. 219-222 (90 назв.). - ил.

Авторы: Величко, А. К., Разин, С. В., Кантидзе, О. Л.

Аннотация: Охарактеризованы структура и функции рибосомных повторов, их организация в ядрышковом компартменте. Рассмотрены методические аспекты изучения повреждения ДНК в ядрышке. Проанализированы уникальные особенности ответа на повреждения рибосомной ДНК, включая транскрипционную репрессию и ядрышковую реорганизацию, а также особенности механизмов репарации повреждений в рибосомных генах.

Речкунова, Н. И.
Интерактом систем репарации оснований и нуклеотидов / Н. И. Речкунова, Ю. С. Красикова, О. И. Лаврик. - Текст : непосредственный
// Молекулярная биология. - 2021. - Т. 55, № 2. - С. 181-193. - ISSN 0026-8984. - [Тема номера: "Системы репарации ДНК в обеспечении стабильности генома человека, преодолении процессов старения и как стратегические платформы для новых методов онкотерапии и лечения нейродегенеративных заболеваний"]. - Библиогр.: с. 189-193 (94 назв.).

Авторы: Речкунова, Н. И., Красикова, Ю. С., Лаврик, О. И.

Аннотация: Представлены основные сведения о механизмах эксцизионной репарации оснований и эксцизионной репарации нуклеотидов. Рассмотрены данные об участии белков эксцизионной репарации нуклеотидов в восстановлении повреждений ДНК, вызванных окислительным стрессом, и белков эксцизионной репарации оснований в удалении объемных аддуктов ДНК. Обсуждена роль поли (ADP-рибоза) полимеразы 1 в регуляции процессов эксцизионной репарации оснований и нуклеотидов и их координации при исправлении сложных повреждений.

Изучение свойств рекомбинантной эндонуклеазы IV Mycobacterium tuberculosis / М. А. Дымова, А. В. Ендуткин, В. В. Полуновский [и др.]. - Текст : непосредственный
// Молекулярная биология. - 2021. - Т. 55, № 2. - С. 258-268. - ISSN 0026-8984. - [Тема номера: "Системы репарации ДНК в обеспечении стабильности генома человека, преодолении процессов старения и как стратегические платформы для новых методов онкотерапии и лечения нейродегенеративных заболеваний"]. - Библиогр.: с. 266-267 (43 назв.). - ил., 2 табл.

Авторы: Дымова, М. А., Ендуткин, А. В., Полуновский, В. В., Закабунин, А. И., Храпов, Е. А., Торгашева, Н. А., Юдкина, А. В., Мечетин, Г. В., Филипенко, М. Л., Жарков, Д. О.

Аннотация: Изучены свойства рекомбинантной эндонуклеазы MtbEnd при сведении к минимуму модификации последовательности белка и продолжительности процедуры выделения. Результаты исследования позволяют рассматривать MtbEnd в качестве возможной мишени при разработке новых противотуберкулезных средств.

Бабушкина, Н. П.
Вовлеченность генов белков BRСA1-ассоциированного комплекса наблюдения за геномом (BASC) в развитие многофакторной патологии / Н. П. Бабушкина, А. Е. Постригань, А. Н. Кучер. - Текст : непосредственный
// Молекулярная биология. - 2021. - Т. 55, № 2. - С. 318-337. - ISSN 0026-8984. - Библиогр.: с. 329-337 (182 назв.). - ил., 2 табл.

Авторы: Бабушкина, Н. П., Постригань, А. Е., Кучер, А. Н.

Аннотация: В последние годы появились исследования в области "менделевского кода" - гипотезы, о существовании связи между менделевскими и многофакторными патологиями. Через призму гипотезы "менделевского кода" представлен взгляд на группу генов, которые могут оказаться перспективными генами-кандидатами широкого спектра патологических состояний, а именно, генов белков систем репарации ДНК. В качестве примера рассмотрены белки BRСA1-ассоциированного комплекса наблюдения за геномом (BASC). Обсуждены основные функции белков этого комплекса в процессах репарации двухцепочечных разрывов ДНК и мисматч-репарации, вовлеченность этих белков в функционирование митохондрий и участие белков BASC в развитии адаптивного иммунного ответа.

Белок MutL из системы репарации мисматчей бактерии Neisseria gonorrhoeae: взаимодействие с ATR и ДНК / М. В. Монахова, М. А. Милакина, В. Ю. Савицкая [и др.]. - Текст : непосредственный
// Молекулярная биология. - 2021. - Т. 55, № 2. - С. 289-304. - ISSN 0026-8984. - [Тема номера: "Системы репарации ДНК в обеспечении стабильности генома человека, преодолении процессов старения и как стратегические платформы для новых методов онкотерапии и лечения нейродегенеративных заболеваний"]. - Библиогр.: с. 302-304 (53 назв.). - ил., 3 табл.

Авторы: Монахова, М. В., Милакина, М. А., Савицкая, В. Ю., Романова, Е. А., Desirazu, N. R., Кубарева, Е. А.

Аннотация: Изучены кинетические параметры гидролиза серин/треониновой протеинкиназы (АТР) белком NgoMutL, установлено влияние ионов цинка на функционирование этого фермента. Определена минимальная длина одно- и двухцепочечных фрагментов ДНК, с которыми может эффективно связываться изучаемый белок. Установлено, что остатки цистеина эндонуклеазного домена NgoMutL могут взаимодействовать с ДНК. Показано, что выход ДНК-белкового конъюгата зависит от длины линкера, на котором локализована пиридилдисульфидная группа, концентрации АТР и присутствия ионов цинка в реакционной смеcи.

Ендуткин, А. В.
GO-система: путь репарации ДНК для борьбы с окислительными повреждениями / А. В. Ендуткин, Д. О. Жарков. - Текст : непосредственный
// Молекулярная биология. - 2021. - Т. 55, № 2. - С. 223-242. - ISSN 0026-8984. - [Тема номера: "Системы репарации ДНК в обеспечении стабильности генома человека, преодолении процессов старения и как стратегические платформы для новых методов онкотерапии и лечения нейродегенеративных заболеваний"]. - Библиогр.: с. 231-242 (263 назв.). - ил.

Авторы: Ендуткин, А. В., Жарков, Д. О.

Аннотация: Дано описание структуры и специфичности GO-системы бактерий и эукариот. Освещена уникальная роль системы в предотвращении мутаций. Обсуждены данные о том, что белки GO-системы являются многообещающими мишенями для терапии онкологических и аутоиммунных заболеваний, а также бактериальных инфекций.

Ильина, Е. С.
5'-дезоксирибозофосфатлиазная активность апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазы 1 / Е. С. Ильина, О. И. Лаврик, С. Н. Ходырева. - Текст : непосредственный
// Молекулярная биология. - 2021. - Т. 55, № 2. - С. 269-276. - ISSN 0026-8984. - [Тема номера: "Системы репарации ДНК в обеспечении стабильности генома человека, преодолении процессов старения и как стратегические платформы для новых методов онкотерапии и лечения нейродегенеративных заболеваний"]. - Библиогр.: с. 275-276 (23 назв.). - ил., табл.

Авторы: Ильина, Е. С., Лаврик, О. И., Ходырева, С. Н.

Аннотация: Одно из наиболее часто встречающихся повреждений ДНК - появление апуриновых/апиримидиновых сайтов (AP-сайты). Основной путь репарации AP-сайтов инициирует апуриновая/апиримидиновая эндонуклеаза 1 (APE1). Обнаружена способность APE1 формировать продукт ковалентного присоединения к цепи ДНК, содержащей брешь с 5'-dRP-группой, которая обращена в сторону бреши. Кроме того, установлено, что, оставаясь в комплексе с продуктом гидролиза АР-сайта, АРЕ1 проявляет 5'-dRP-лиазную активность, катализируя отщепление остатка 5'-dRP. Наличие у АРЕ1 лиазной активности может быть важным моментом при репарации АР-сайтов в случае дефицита или мутаций ДНК-полимеразы-бета - основного фермента, удаляющего 5'-dRP в процессе репарации поврежденных оснований.